Se encuentra ubicado en la zona sur del estado en la región llamada Papaloapan.
Juan Rodríguez Clara se encuentra localizado en el suroeste del estado de Veracruz, en las amplias llanuras que constituyen la denominada región del Papaloapan.
Las principales localidades y su población en 2010 son las siguientes: El gobierno del municipio de Juan Rodríguez Clara está a cargo de su Ayuntamiento; que es electo mediante voto universal, directo y secreto para un periodo de tres años que son renovables únicamente para el periodo inmediato posterior de la misma duración.
Está integrado por el presidente municipal, un síndico único y el cabildo conformado por cinco regidores, dos electos por mayoría relativa y tres por el principio de representación proporcional.
Para su régimen interior, el municipio de Juan Rodríguez Clara se divide en dos agencias municipales, cuyos titulares son electos mediante voto universal, directo y secreto en procesos organizados por el Ayuntamiento.