Allí conoció, en el instituto Mondragone, a Eugenio Pacelli, personaje que más estimó y admiró y que más tarde se convertiría en el papa Pío XII.

Del nuevo matrimonio de su madre, nacen Irene e Inés, esta última fallece tempranamente.

No se limitó al ámbito intelectual, pues la cultura física, la música y el baile eran igual de importantes para el joven Noè y lo apasionaron de la misma forma durante toda su vida.

Ingresó a la Universidad de Roma, donde cursó Ciencias Físicas y Naturales siendo discípulo y el jefe del laboratorio del profesor Gian Battista Grassi, descubridor de la malaria.

Existía una estufa que utilizaba Noè para enseñar a sus estudiantes a hacer inclusiones, mientras los ratones se cruzaban entre sus piernas, era un laboratorio en paupérrimas condiciones y aun así a pesar de aquello se las arregló para buscar espacio en la escuela de medicina para instalar un acuario y una gran jaula en la parte posterior sur del predio.Se le ofrece la cátedra de Histología luego que el profesor Vicente Izquierdo tuvo que abandonar por una grave enfermedad a la vista.

Al tomarla transforma el concepto estático en dinámico, hasta ese minuto el escaso raciocinio se basaba en la paleontología, origen de la anatomía comparada descriptiva y sobre la base de los fósiles hallados en las capas geológicas.

Juan Noè, según la escuela activa italiana de Grassi, insiste en que no basta con describir formas orgánicas.

En aquella incursión le acompañaban ayudantes; Walter Fernández Ballas, Ramiro Herrera, Ottmar Wilhem (futuro ministro de salud).

Juan Garagulic en marzo del año 1946, con la idea de una campaña antimalarica fronteriza y fue aceptado.

Noé comenzó a poner en práctica la Medicina Social en Chile concibiendo la enfermedad no como un hecho aislado sino como ligada a fenómenos sociales, económicos, culturales, etc., algo que había sido dejado de lado por los médicos de esa época.

Él sabía que no bastaba con eliminar la enfermedad sino que era necesario mejorar la economía agraria, educar a los campesinos y generar una mejoría en sus condiciones de vida, para así evitar la propagación de nuevas epidemias.

Chile, gracias a los esfuerzos del Dr. Noé, fue unos de los primeros países occidentales en erradicar la malaria.

La campaña hasta el 1940 abarcó solo Arica y 25 km del valle de Azapa vecino.

En 1943 y 1944 por iniciativa del profesor Juan Noé se, el gobierno propició dos leyes que para aportar recursos a la campaña contra la malaria y empezar a realizar estudios sobre otra enfermedad parasitaria, la Enfermedad de Chagas o “Trypanosomiasie americana”.

El Dr. Sótero del Río, ministro de Salud en esa época patrocinó estas leyes, pero además las complementó con fondos para entregarles gratificaciones especiales a las personas que trabajaban full time en la brigada antimalaria de zonas rurales y cordilleranas al igual que a las brigadas de carabineros que cumplían con esta labor.