En la década de 1930 comenzó a contrabandear whisky hacia Estados Unidos a través de Texas, constituyendo una organización bien estructurada en la frontera.

A través de conexiones políticas que había fomentado, Nepomuceno Guerra fue capaz de controlar todo el contrabando a través del Río Bravo.

[1]​ En la década de 1980 su sobrino, Juan García Abrego, tomó el control de la organización dejando el contrabando a un lado para introducirla en el negocio del narcotráfico, comenzando a utilizar las conexiones de su tío para iniciar el crecimiento de lo que más adelante sería conocido como el Cártel del Golfo.

Según fuentes noticiosas, a pesar de que constituyó la organización ilícita que sería, posteriormente, uno de los cárteles de la droga más importantes de México, Juan Nepomuceno Guerra solo pasó "unas pocas horas en la cárcel" por sus crímenes ya que, según se dice, él la dirigió en la época donde trabajaban en el contrabando de licores, mas no en el tráfico de drogas.

[2]​ Se cree que fue unas de las pocas personas que traicionó al jefe de jefes (Miguel Ángel Félix Gallardo) y salió indemne, puesto que tenía vínculos con el presidente de México.