Juanito Muguerza comenzó muy joven a destacar en el atletismo.
Muguerza mantuvo un dominio casi absoluto en España sobre estas dos especialidades hasta 1921, proclamándose campeón de España de 1.500 metros lisos en todas las ediciones que disputó (1917, 1918, 1919, 1920 y 1921).
En 1919 fue el primer vencedor de la carrera popular Behovia-San Sebastián.
En 1943 se instituyó en su localidad natal el Memorial Juan Muguerza, una prueba de cross que con el paso de los años adquiriría carácter internacional.
En su palmarés se encuentran figuras del atletismo como Mamo Wolde, Mariano Haro o Carlos Lopes