Desde entonces se asentó en el equipo donde jugó 12 temporadas, en las que vivió momentos importantes como una final de Copa del Rey, el tercer puesto en Liga y dos ascensos a Primera División, aunque también sufrió dos descensos a la Segunda División.
Después de su retirada como jugador, fue segundo entrenador en el Real Betis Balompié, con Paco Chaparro, José María Nogués (2008/09) y Antonio Tapia (2009/10), de donde pasó a la secretaría técnica del equipo bético.
En la temporada 2011-12, Merino se convirtió en entrenador del Xerez Club Deportivo, en Segunda División.
[5] En junio de 2014, fue nombrado nuevo entrenador del Real Betis Balompié "B" para la siguiente temporada, le acompañó como segundo el también exfutbolista bético Jesús Capitán Prada.
[9] Sin embargo, viendo los resultados que consiguió el equipo, terminó la temporada al frente del mismo, dejándolo en una solvente 10.ª posición (a 7 puntos de puestos europeos).