En 1994 pasa a ser segundo entrenador del Málaga CF, cargo que ocupa hasta 1996, cuando pasa a ser el segundo entrenador del Cádiz CF.
[1] Pero en octubre de 2001, apenas iniciada la temporada 2001-02, sería destituido por los malos resultados (el equipo almeriense era penúltimo tras 11 jornadas).
[6] Sin embargo, a mediados de la temporada siguiente, con el equipo malacitano como colista al inicio de la segunda vuelta, Antonio Tapia fue cesado y reemplazado por Manolo Hierro,[7] que no podría evitar el descenso.
[11] En junio de 2008, se confirmó su fichaje como nuevo entrenador del Málaga CF para la temporada 2008-09.
[12] En esa campaña, Tapia llevó al conjunto blanquiazul al 8.º puesto, a las puertas de entrar en competiciones europeas, siendo considerado en ese campeonato el equipo revelación de 1.ª División.