Fue hijo de una acomodada familia siendo sus padres Luis Zalles y Florencia Calderón.

Durante algún tiempo, se dedicó a escribir artículos en periódicos de La Paz.

Desde 1905 hasta 1906 y durante el primer gobierno del presidente Ismael Montes Gamboa, fue nombrado secretario de la Legación boliviana en Chile.

Una vez derrocado el gobierno liberal del presidente José Gutiérrez Guerra mediante un golpe de Estado propiciado por el Partido Republicano de Bolivia, Juan María Zalles tuvo que salir al exilio con destino a Chile.

Durante su gestión como canciller de Bolivia le tocó enfrentar las relaciones diplomáticas en plena Guerra del Chaco.

Ese año reemplazó a Casto Rojas en la misión diplomática boliviana en Buenos Aires.

Desde entonces partiría de viaje rumbo a Chile, país donde permanecería durante siete años.

En el ejercicio del periodismo escribió artículos que se publicaron en los periódicos "El Diario", "El Comercio de Bolivia" y "La Epoca" de La Paz, en estos órganos impresos se destacó como un gran editor.

Juan María Zalles, a la legislatura ordinaria de 1913, La Paz; "Crónicas", Imp.