Juan Mari Mujika debutó en la primera plantilla de la Real Sociedad en la temporada 1985-1986 cuando el técnico John Benjamin Toshack le subió del filial, el Sanse.

La aportación que tuvo Mujika al Deportivo en su retorno a Primera división fue de 18 partidos y 1 gol en dos temporadas.

Posteriormente Mújica jugaría dos campañas en el Deportivo Alavés en Segunda división B, por el que fichó en la temporada 93/94.

En su primera campaña en el conjunto vitoriano el veterano jugador guipuzcoano luchó por devolver al Deportivo Alavés a la Segunda División.

En su segunda temporada, de la mano del entrenador Txutxi Aranguren el Alavés logró el ansiado ascenso.