Se involucró en las luchas revolucionarias de los años 1930 en Cuba.

Tras esto, en 1955, Fidel Castro buscó conocerlo y Márquez se vinculó a su movimiento.

Se exilió en México, junto a los demás revolucionarios cubanos y pasó a ser el segundo jefe de la expedición del yate Granma.

Sin saber a dónde ir, Juan Manuel Márquez Rodríguez vagó sólo durante algunos días por la zona, hasta ser capturado y asesinado por el ejército el 15 de diciembre de 1956.

Actualmente, el hospital pediátrico de su municipio Marianao lleva su nombre.