Más tarde se trasladó a Burgos, fue ordenado sacerdote y fue administrador y capellán de esta diócesis hasta su muerte.
Allí entró en contacto con el erasmismo a través de la literatura que aportaba Diego del Castillo, pues, como relata el propio Juan Maldonado, hacia 1526 circulaban en Burgos Coloquios erasmistas en español y, pocos años después, se generalizó en España la influencia de Erasmo.
En sus obras, escritas siempre en latín, intentó hacer compatible la práctica eclesiástica católica con el humanismo erasmista.
El Pastor bonus (El buen pastor, c. 1529) contiene una aguda crítica del propósito de lucro y la búsqueda de placeres mundanos de los eclesiásticos, aspectos que —según muestra esta obra— prevalecían sobre lo que debiera ser la principal preocupación del buen pastor o sacerdote, el cuidado de su grey.
En su Paraenesis ad politiores litteras adversus grammaticorum vulgum (Exhortación a las buenas letras contra la turba de los gramáticos, 1529), conocido como Paraenesis ad litteras, expresa su preocupación por una buena enseñanza del latín clásico e insta a la modernización del estudio de esta lengua, pues consideraba la filología como la clave necesaria para tener acceso a cualquier rama del saber humano.