Estudió en el seminario de la ciudad y ganó una beca para estudiar teología en Nueva Orleáns (Estados Unidos).[2] Su protesta se extremó tras una matanza de indígenas en Alta Verapaz, que soldados cometieron.Con motivos conciliadores, organizó encuentros entre la insurgencia, el Gobierno y los sectores civiles.[5] En las investigaciones se documentaron más de 54 000 violaciones a los Derechos Humanos durante la dictadura militar (1960-1996).Las declaraciones del sacerdote Mario Leonel Orantes Nájera, posteriormente, serían erráticas y contradictorias.Las piernas del occiso estaban cruzadas a la altura de los tobillos y las manos entrecruzadas sobre el pecho.Curiosamente, los registros del vehículo en archivos estatales desaparecieron después de que fuera divulgada la relación con los militares.El Gobierno, que había insistido con parcialidad cuestionable en que el asesinato se debía a un crimen común, no político (o si político, realizado para desprestigiar al gobierno) disolvió la comisión en julio de 1998.Sobre todo, la campaña de bulos continuaría al dictarse sentencia por el asesinato.Un agente de inteligencia militar, Jorge Aguilar, testificó que vio al acusado Byron Lima y otras tres personas vestidas de negro en las instalaciones del EMP momentos después del asesinato y vio en el estacionamiento de las instalaciones del EMP un vehículo que coincidía con el que el taxista describió.Más contundente aún, Aguilar revelaría que todos los presentes en el edificio del EMP fueron advertidos de callar acerca de cualquier hecho ocurrido la noche anterior al asesinato.Había sido contratado para vigilar a Gerardi desde dos años antes del asesinato, habiéndose mimetizado entre los indigentes que pernoctaban en el parque ubicado al lado de la iglesia donde residía el prelado.Según Rubén Chanax, que luego saldría al exilio, la escena del crimen fue alterada por dos militares para confundir la acción de los investigadores.Luego, un vehículo recogió a Obdulio Villanueva, quien llevaba una cámara de video.La sentencia en primera instancia, acogida con aprobación tanto nacional como internacionalmente, se consideró un importante referente concretado en el proceso de fortalecimiento del estado de derecho y en la lucha contra la impunidad, pues fue la primera sentencia contra elementos castrenses en un tribunal civil en la historia del país.Interpuestos múltiples recursos para embrollar el proceso y que pretendieron provocar retardo litigioso, las apelaciones relativas fueron desestimadas.Sus homilías se vuelven entonces denuncias públicas y es obligado a salir al destierro, a pesar de contar con el apoyo del arzobispo de Guatemala, Próspero Penados del Barrio.
Noveno aniversario del asesinato de monseñor Juan Gerardi. Guatemala, abril de 2007.