Tras completar el curso de ingeniero militar en la Escuela Superior Técnica fue enviado por el Poder Ejecutivo al Real Instituto Politécnico de Turín, Italia, donde obtuvo doctorados en ingeniería industrial e ingeniería aeronáutica.

Como Director del Instituto Aeronáutico, el ahora Brigadier Mayor San Martín restableció la política de producción y diseño de aviones argentinos, que había sido abandonada por el Estado desde 1937.

Para motorizar nuevamente esta industria y ponerla al tanto de los distintos avances técnicos ocurridos durante la Segunda Guerra Mundial, realizó un viaje a Europa en 1946.

Contrató allí unos 750 obreros especialistas, dos equipos de diseñadores alemanes (liderados por Kurt Tank y Reimar Horten, respectivamente), un equipo italiano (a cargo de Pallavecino) y al ingeniero francés Emile Dewoitine.

Estos equipos, junto con ingenieros y técnicos argentinos, serían los encargados de proyectar los aviones de reacción Pulqui I y Pulqui II, el bimotor Justicialista del Aire, luego rebautizado I.Ae.

Como Ministro, y en el marco del Segundo Plan Quinquenal, el brigadier mayor crea IAME (Industrias Aeronáuticas y Mecánicas del Estado) con la misión de producir en nuestro país automóviles, tractores, motos y otros elementos de la industria pesada que hasta ese momento era impensado que se fabricaran en la Argentina.

Su aporte a la producción nacional llevó al diseño de aviones como el Pulqui I y el Pulqui II, que desarrollaba una velocidad de 1050 km por hora superior a los aviones norteamericanos y soviéticos.

Asimismo, se establecieron importantes beneficios sociales para los trabajadores en actividad.

Por primera vez, la autoridad laboral provincial actuó fijando multas y penalidades a aquellos empresarios —propietarios de fábricas, talleres, construcciones y casas de comercio— que no cumplieran con la legislación que establecía el cese de las actividades el sábado al mediodía (sábado inglés) y la prohibición del trabajo en domingo (descanso dominical).

En 1951 promulgó la Ley de Promoción Industrial', que beneficiaba con exenciones impositivas a las firmas industriales que se establecieran en Córdoba, con la cual la industria provincial aumentó geométricamente durante la década de 1950.

Durante su gestión debió inicialmente resolver el problema del desabastecimiento de energía eléctrica que sufría la provincia, la cual se encontraba en manos privadas y al límite máximo de sus posibilidades y con onerosos costes tarifarios.

Con estas medidas duplicó la producción de energía, llegando a unos 50 000 kWh.

Al asumir solicitó al Poder Ejecutivo la transferencia a la Aeronáutica la responsabilidad del desarrollo del Segundo Plan Quinquenal en lo concerniente a la producción automotriz, lo que fue autorizado.

En la actualidad, en su honor el Instituto Universitario Aeronáutico entrega los premios Brigadier Juan Ignacio San Martín.