Juan fue el único hijo de Enrique XIV, duque de la Baja Baviera y Margarita de Bohemia, hija del rey Juan I de Bohemia.
[1] En 1335, siendo un niño, fue prometido con Isabel, la hija del rey polaco Casimiro III de Polonia.
[2] Este y un compromiso mayor con una hija de Rodolfo II del Palatinado se disolvieron y el 18 de abril de 1339 Juan se casó en Múnich con Ana, la hija de Luis IV de Baviera.
[3] El matrimonio fue un tratado de paz entre Enrique XIV de Baja Baviera y Luis IV de Baviera.
Juan el Niño fue enterrado en la Abadía de Seligenthal.