Esto también llevó a una confusión entre sus contemporáneos latinos, quienes lo confundieron con su título y lo llamaron «duque de Neopatras».

[4]​[nota 1]​ Su verdadero título, que recibió del emperador bizantino Miguel VIII Paleólogo hacia 1272, era el de sebastocrátor.

Solo se la conoce por el nombre monástico que asumió después de su muerte, Hipomona («Paciencia»).

Tampoco está claro si estas tropas que capitaneó eran parte del ejército oficial epirota o un contingente privado.

El motivo de la deserción no está claro, ya que las diversas fuentes ofrecen relatos contradictorios.

Miguel II aceptó las disculpas de su hijo y pronto se le unió en tierra firme.

Le dio a Nicéforo a su sobrina Ana en matrimonio y concertó un matrimonio entre su sobrino Andrónico Tarcaniota y una hija de Juan, quien además recibió el alto título de sebastocrátor.

[20]​[18]​ Esto está bien ilustrado por el asunto de su yerno, Andrónico Tarcaniota: enojado por la preferencia del emperador hacia su hermano menor Miguel, provocó una incursión tártara en Tracia, y en la confusión buscó refugio en la corte de Juan.

Esta decisión despertó una apasionada oposición del pueblo bizantino, el clero ortodoxo e incluso dentro de la propia familia imperial.

Habiendo obtenido trescientos caballeros de su parte, regresó a Neopatras y dispersó al ejército bizantino.

En respuesta, se convocó un sínodo en Santa Sofía el 16 de julio, donde tanto Nicéforo como Juan fueron anatematizados a cambio.

[28]​[29]​ Miguel VIII lanzó entonces otra invasión, liderada por el pincerna Manuel Raúl, el protostrator Andrónico Paleólogo y otros.

Estos últimos fueron atraídos por Juan a una emboscada y sufrieron una aplastante derrota en Farsalo.

Después de esta expedición punitiva, las relaciones entre Tesalia y Epiro se establecieron en una paz incómoda.

Sin embargo, al igual que cuando el mismo Juan lo había hecho en el pasado, esta soberanía era puramente nominal.

[19]​[34]​ Con su esposa, que solo es conocida por su nombre monástico Hipomona («Paciencia»), Juan tuvo varios hijos, entre ellos:[3]​[7]​