El conde Juan Gunter I era el hijo del conde Gunter XL de Schwarzburgo (1490-1552), con el sobrenombre Gunter el Rico o Gunter con las grandes fauces, y su esposa Isabel (f. 14 de mayo de 1572), una hija del conde Felipe de Isenburg-Büdingen-Ronneburg.

Juan Gunter I fue educado en la fe católica y destinado a una carrera eclesiástica.

La parte de Juan Gunter I fue nombrada Schwarzburgo-Sondershausen, en referencia a su capital.

Luchó en los Países Bajos junto a su hermano mayor Gunter XLI y se distinguió durante la conquista de San Quintín en 1583.

Después de que sus hermanos Gunter XLI de Schwarzburgo-Arnstadt y Guillermo I de Schwarzburgo-Frankenhausen hubieran fallecido sin herederos varones, Juan Gunter I heredó Schwarzburg-Arnstadt y su otro hermano Alberto VII heredó Schwarzburgo-Frankenhausen.