Militó en diversos equipos del fútbol nacional, destacando sobre todo sus pasos por Universidad de Chile, equipo con el que fue campeón del Torneo de Apertura 2009 y llegó a semifinales de la Copa Libertadores 2010.

Su debut profesional fue en el año 1997 vistiendo la camiseta de Deportes Linares.

Luego, en el 2003, pasó a formar parte del club Deportes Temuco, en el 2004 se unió a las filas del complicado equipo de Coquimbo Unido y ya en el 2006, Juan González, pasa a formar parte del club Audax Italiano en donde se convierte en figura y titular indiscutido, realizando grandes campañas en el torneo local y en la Copa Libertadores de América.

Gracias a sus buenas actuaciones en el año 2008 el club Universidad de Chile, dirigido por Arturo Salah, se interesó en sus servicios y lo fichó para la temporada 2008-2009.

A pesar del bajo rendimiento en los primeros partidos, en la trama final del torneo se afirma y se convierte en una garantía en la defensa azul, pero de todas formas al final del torneo partió a préstamo a Audax Italiano.