Sin embargo, al año siguiente fue nombrado secretario del cabildo y concejal primero.

En 1846, las tensiones entre México y Estados Unidos se encrudecieron con la Intervención Estadounidense en México, resultando en la pérdida del cincuenta y cinco por ciento del territorio nacional.

Por ello, en 1855 algunos que anteriormente habían formado parte de la República del Río Grande, incluyendo a Santiago Vidaurri, se alzaron nuevamente en armas y proclamaron un nuevo proyecto soberanista con el nombre de República de la Sierra Madre, el cual fue rechazado por el propio general Canales y por el propio Farías.

En su honor está nombrada la escuela pública Francisco Farías Elementary School así como el Juan Francisco Farías Military Museum,[8]​ museo proyectado por veteranos del ejército estadounidense.

El matrimonio procreó once hijos, a los que se unieron otros dos que doña Inocente aportaba de su anterior matrimonio con el capitán Cayetano de la Garza y Sánchez-Navarro (muerto en combate).