[6] La embajada era un puesto clave en el contexto de la crisis sucesoria por la inminente muerte del rey Carlos II.
El duque intentó obtener el reconocimiento papal al monarca de la nueva dinastía, Felipe V de Anjou, mediante una pintoresca argucia: dado que Clemente XI se negaba a realizar el homenaje por el cual el rey de España le entregaba públicamente una cantidad de oro y él, al aceptarlo, ratificaba la investidura real, Juan Francisco buscó precipitar la situación realizando la entrega de ese oro por sorpresa, aunque sin éxito.
[10] Sin embargo, según el marqués de San Felipe, la negativa del rey a concederle el virreinato de Nápoles llevó a que, sigilosamente, Juan Francisco acercase sus posiciones al del bando austracista:[10] Cuando el rey le encargó la misión de recuperar Cerdeña, el duque informó a los enemigos de esta operación y retrasó la orden de los barcos para llevar tropas, dando así tiempo a que salieran naves austracistas desde Barcelona con refuerzos para la isla.
[11] Paradójicamente, es en 1711, con la guerra casi ganada por Felipe V, que Juan Francisco decide pasarse sin ambajes al bando austracista.
[12] Exiliado, Juan Francisco vivió sus últimos años sirviendo al emperador en Viena.