Junto con su hermano mayor, Johan Ernst, heredó el condado de Nassau-Weilburg.
Johan Ernst se convirtió en el único gobernante de Nassau-Weilburg.
En septiembre de 1696 Juan Ernesto entró como general al servicio del Palatinado Electoral, lo que enfureció a su anterior patrón empleador, el Landgrave Carlos I de Hesse-Kassel.
Por este logro, fue ascendido a Mariscal de Campo Imperial (Generalfeldmarschall).
En adelante, Juan Ernesto no participó en ningún compromiso importante de nuevo y se retiró del servicio activo definitivamente en 1706.
Ejerció de Großhofmeister del Palatinado Electoral hasta 1716 cuando retornó a Weilburg, donde murió en 1719.