En 1990 nuevamente corre en la Fórmula Tres Chilena bajo la escudería WD-40 - Jai Level donde obtiene el 12.º lugar de la clasificación general al obtener 6 puntos, siendo su mejor ubicación un cuarto lugar en la novena fecha.
En 1993 entra a mitad de campeonato donde corre en la escudería Quaker State - Procarne Hamburguesas, donde consigue 8 puntos en las seis fechas que corrió y su mejor ubicación fue un tercer lugar en la novena fecha, los puntos obtenidos en el campeonato lo hacen quedar en el octavo lugar de la clasificación general.
1994 es sin duda el mejor año de Juan Carlos en la Fórmula Tres Chilena en la década de los 90s, corriendo desde la primera hasta la cuarta fecha por la escudería Rectificadora Maroto y desde la quinta hasta la décima fecha bajo la escudería Lubricantes Gulf - Radio Galaxia FM.
donde obtiene tres triunfos y cuatro pole positions en 12 fechas que le hacen quedar en segundo lugar de la clasificación general con 43 puntos, siendo subcampeón de la categoría Fórmula Tres Chilena, en este año se complementa el haber corrido en Estados Unidos en la categoría Barber Saab, siendo el primer Chileno en correr en un circuito óvalo obteniendo la mejor ubicación Séptimo por delante del futuro Campeón de Fórmula 1 Juan Pablo Montoya y las últimas dos fechas de la Indy Light.
A mediados de los años 90 participó en categorías norteamericanas como la Indy Lights, American Indycar racing su primera Victoria en esta Categoría fue en Colorado, EEUU,ese mismo año obtuvo 2 pole position, dos victorias, 2 segundos lugares y un Tercer puesto, siendo elegido por la categoría como piloto revelación, y la IndyCar, elegido el Mejor Deportista de automovilismo por el círculo de periodistas de Chile en 1996.