Juan Carlos Beltrán iniciaría su etapa como entrenador en la Sociedad Deportiva Huesca con apenas 35 años, dirigiendo al equipo en la Tercera División de España.
En la temporada 2000-01, logró el ascenso a la Segunda División B de España.
[2] En las temporadas siguientes dirigiría al CF Figueruelas, Unió Esportiva Tàrrega y en las categorías inferiores del Real Zaragoza.
En la temporada 2012-13, se hace cargo del juvenil "A" del Real Zaragoza que compite en División de Honor de Juveniles.
[5] En la temporada 2015-16, vuelve a dirigir al juvenil "A" del Real Zaragoza que compite en División de Honor de Juveniles.