Fundada originalmente en 1923, actualmente compite en la Regional Preferente de Aragón.

En la temporada 1945-46 el club haría su debut en categoría nacional, siendo ésta su única presencia en la Tercera División de España durante muchos años.

En la primera eliminatoria se deshace del Haro Deportivo, tras un 3-2 favorable a los jarreros, en un gran encuentro para los aficionados de ambos conjuntos,[1]​ que decantaría inicialmente la eliminatoria para el club riojano, pero dejándola muy abierta, la cual finalmente se decantaría del otro lado, con un 3-1 en Borja para los locales, que le daría el pase a la Sociedad Deportiva Borja a la siguiente ronda.

En la segunda ronda la suerte quiso que la Unión Deportiva San Fernando y la Sociedad Deportiva Borja se vieran las caras, primero en Canarias con un 1-0 favorable a los locales, y después en Borja, donde pondría fin el cuadro Borjano a su andadura en el Play-Off tras empatar a cero en un Manuel Meler lleno hasta la bandera.

Lleva su nombre en honor a Manuel Meler, borjano de adopción y referente en el crecimiento del club, personalidad que además fue presidente del Real Club Deportivo Español entre 1970 y 1982, y vicepresidente de la Real Federación Española de Fútbol.