A los 16 años, mudó sus dotes futbolísticos y formó parte de la cantera del Boca Juniors.
Luego continuó su carrera en Ferro Carril Oeste, donde se consolidó como titular con grandes actuaciones en el club de Caballito.
Juan Pablo es un centrocampista de grandes cualidades físicas, que le convierten en un auténtico ‘pistón’ por la banda izquierda, su mejor perfil.
A pesar de esta posición del club andaluz, el Real Zaragoza sigue intentando poder adquirir al jugador.
También disputó la primera edición de la Supercopa Argentina frente a Boca y se coronó campeón por segunda vez en su país.
Las buenas actuaciones tanto en el medio local como en la Copa Libertadores con Arsenal hicieron que en enero de 2013 Caffa regrese a Europa.