Su nombramiento obedecía a dos razones: la de suplir al organista en ausencias y enfermedades y la de poder tocar simultáneamente los dos órganos catedralicios, no solo en improvisaciones, sino en obras que, por deseo expreso del compositor, así lo exigían.

Por otra parte, el cosmopolitano valenciano del siglo XVII no era tal que incluyera, necesariamente, contactos con músicos de otras latitudes.

Ni siquiera la gran facilidad de la influencia italiana, fomentada desde el poder político durante el siglo XVI, estaba tan en boga, aunque ciertamente esta influencia napolitana, mejor que la italiana, no puede destacarse.

Aunque no falten las obras vocales, su producción es eminentemente organística; y dentro del órgano, los tientos ocupan el primer lugar, seguidos de los versos.

Si no llevan la anotación "sin paso", empiezan frecuentemente según la forma clásica de la fuga, exponiendo el primer tema en una voz sola, con valores largos.

Las otras obras para órgano de Cabanilles son paseos, pasacalles, gallardas, tocatas, batallas, jácara, gaitilla y dolías, si bien muchas de estas composiciones también son denominadas tientos en algunos manuscritos.

Su Beatus vir a 12 voces en tres coros, distribuido el primer coro en dos dúos de tiple y tenor, es una obra perfecta y acabada del más genuino barroco valenciano , con un dominio absoluto del contrapunto imitativo incluso por movimiento contrario, sobre el que fundamenta sus tientos organísticos, con abundantes modulaciones y con entradas de las voces incluso sobre las séptimas sin preparar.