Inició su carrera de futbolista en las divisiones menores del Saprissa hasta ascender al primer equipo en la temporada 2010-2011.

El Invierno 2011 comenzó el 4 de agosto para el equipo tibaseño, al enfrentar el clásico costarricense contra Liga Deportiva Alajuelense; Juan no estuvo en la nómina para este juego que resultaría en empate 1-1.

Por otro lado, el equipo saprissista logró alcanzar la fase de semifinales contra los manudos, donde perdieron la ida 0-1 y empataron en la vuelta 2-2, quedando eliminados.

Posteriormente, marcó su primer gol en su carrera profesional frente a Uruguay de Coronado, equipo que recién ascendía.

Al acabar la fase regular, participó durante 17 partidos y en cuatro veces esperó desde el banquillo.

Su equipo logró el segundo lugar del torneo; enfrentó al Herediano por las semifinales, en la ida terminó 1-1, la vuelta finalizó con derrota 0-1, perdiendo la posibilidad de llegar a la final.

El jugador apareció como titular de su nuevo estratega Ronald González; el primer partido se desarrolló ante San Carlos en el Estadio Ricardo Saprissa.

Tres días después, hizo otro gol frente a Belén y el número 1500 en la historia del club en su estadio por juegos de campeonato nacional.

El 17 de febrero, salió expulsado en el minuto 76' en el encuentro ante Alajuelense; juego que se efectuó en el Estadio Morera Soto y con una pérdida 3-1.

Estadísticamente, el futbolista tuvo actuación por 19 partidos y su equipo avanzó a las semifinales tras alcanzar el tercer lugar.

El primer juego se disputó en el Estadio Chorotega, en el cual su compañero Manfred Russell hizo la única anotación para la victoria 0-1; Bustos participó 60' minutos.

Ambas etapas terminaron con marcadores de 1-0, con una victoria para cada escuadra, sin embargo, avanzó su rival a la siguiente fase por ventaja deportiva.

Golobio participó en la primera fecha contra Pérez Zeledón en el Estadio Ricardo Saprissa, pero su equipo salió derrotado 1-2.

Marcó su primer gol en clásicos frente a Alajuelense el 12 de abril, partido en el cual ingresó como variante y participó 2' minutos.

La final se desarrolló contra Alajuelense, en la ida finalizó 0-0 y en la vuelta 1-0, con la anotación de su compañero Hansell Arauz.

El 12 de julio, se inauguró la Copa Popular 2014, en la cual los tibaseños quedaron ubicados en el Grupo A, compartido con Cariari, Santos y Limón.

El primer encuentro perteneciente a la fecha 1 se disputó contra el recién ascendido AS Puma Generaleña.

Dos días después, se disputó el segundo encuentro de la competición regional, nuevamente frente a la escuadra nicaragüense, esta vez en el Estadio Nacional y con triunfo 3-0.

Golobio marcó un gol para el empate momentáneo 1-1, pero su rival ganó 3-1, lo que complicaba la clasificación de su equipo a la siguiente ronda.

El 18 de enero, se desarrolló la primera jornada del Verano 2015, con miras al tricampeonato, frente a AS Puma; el jugador asistió en dos ocasiones para el triunfo 3-2.

Sus compañeros Ulises Segura, David Guzmán y Rolando Blackburn anotaron, pero el empate de 3-3 prevaleció hasta el final del juego.

El futbolista entró como sustitución por Marvin Angulo al minuto 56', y el marcador culminó en triunfo abultado de 6-0.

Con esto, los morados alcanzaron la estrella número «33» en su historia y Bustos logró el cuarto título de liga en su carrera.

[60]​ Bustos fue suplente en la primera fecha del 7 de enero ante Liberia en el Estadio Edgardo Baltodano, donde los morados triunfaron por 0-3.

El mediocampista recibió la confianza del entrenador Juan Diego Quesada para salir como titular ante los neozelandeses, encuentro que se disputó el 25 de octubre en el Estadio Nnamdi Azikiwe; el marcador terminó empatado a una anotación.

Cuatro días después, el combinado Tricolor enfrentó el segundo juego frente a los turcos, pero terminó en derrota con cifras de goleada 4-1.

Por último, contra el conjunto de Burkina Faso se repetiría el marcador del partido anterior y nuevamente con una pérdida; Golobio marcó un gol al minuto 86'.

Tres días después se dieron las semifinales, enfrentando al anfitrión Guatemala; esta instancia terminó con una nueva victoria 2-1.

Juan Bustos marcó su segundo gol internacional al minuto 47' y salió de relevo por Johan Venegas.

El futbolista entró al minuto 80' por Yeltsin Tejeda y el marcador fue de empate a tres tantos.