Juan fue el más estudioso de los seis hijos que tuvo el matrimonio Brüggen Messtorff.

En su adolescencia fue un destacado alumno del Gymnasium Katharineum de su ciudad natal.

Posteriormente, estudió geología en las Universidades de Jena, Zürich, Viena y Bonn.

En 1911 llegó a Chile, contratado por el gobierno para desempeñarse en el Ministerio de Industrias y Obras Públicas, en donde laboró por seis años.

En 1917, inició su carrera académica y científica en la Universidad de Chile, que se extendería exitosamente por muchos años.