Sus diez años como secretario y portavoz de la Conferencia Episcopal Española, de 2003 a 2013, en los que tuvieron lugar importantes acontecimientos para la Iglesia católica española, como la celebración en Madrid de la Jornada Mundial de la Juventud 2011, la beatificación en Tarragona de 522 mártires de la guerra civil española o la presentación de la Biblia patrocinada por la propia Conferencia Episcopal, le proporcionaron una notable proyección pública,[1]​ marcada en ocasiones también por la polémica, en particular en su relación con el gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero, con el que se enfrentó en temas como el matrimonio homosexual,[2]​ la nueva ley del aborto,[3]​ y la enseñanza de la religión en la etapa de la educación obligatoria,[4]​ aspecto en el que también chocó con el gobierno posterior del Partido Popular y su ministro de Educación, José Ignacio Wert.

Cursó el bachillerato en el Seminario Menor Pontificio de Comillas en Cantabria y se licenció en Filosofía y Letras por la Universidad de Valladolid, en 1976.

Aunque en algunos medios apareció que esta elección ocurrió sin el plácet de sus superiores en la Compañía de Jesús, de la que se encontraba en situación de «legalmente ausente», adquirida tras una permanencia de catorce meses en el monasterio trapense de Dueñas,[9]​ el prepósito general de la Compañía de Jesús, máxima autoridad de la institución, afirmó que «si la Conferencia Episcopal de un país piensa que un determinado jesuita es la persona adecuada para desempeñar ese cargo, la Compañía lo considera como un servicio más a la Iglesia local»,[10]​ del mismo modo que en otros países, como Alemania y Holanda, sendos jesuitas desempeñaban esa función en aquel momento.

[13]​ La aceptación del cargo de obispo, opuesta a la cautela ignaciana que obliga a los miembros de la Compañía de Jesús a renunciar a los cargos eclesiásticos salvo en tierra de misiones,[14]​ se justificaría por el cuarto voto de obediencia especial al papa que tienen los jesuitas profesos,[15]​ en virtud del cual se han dado precedentes en la historia como el de san Roberto Belarmino.

[16]​ En la Conferencia Episcopal Española es, desde marzo de 2020, presidente de la Subcomisión Episcopal para las Universidades y la Cultura.