Aunque nacido en Éibar, su familia, –el matrimonio y sus tres hijos– se trasladaron a Tudela cuando él contaba con trece años,[3]​ en el mismo momento en que lo hizo la fábrica de rodamientos SKF.

[4]​ Juan Antonio realizó el servicio militar obligatorio antes de incorporarse al seminario.

[5]​ Cursó estudios de Filosofía y Letras (sección Filología hispánica) en la Universidad de Zaragoza (1984) y posteriormente en el Seminario Mayor de Pamplona y el Pontificio Instituto Bíblico donde se licenció en 1997.

[2]​ Fue consagrado obispo el 10 de septiembre de 2012 en una ceremonia presidida por el arzobispo titular Francisco Pérez González,[5]​ acompañado del nuncio en España Renzo Fratini y de Fernando Sebastián, arzobispo emérito de Pamplona, como coordenantes.

La diócesis no había tenido obispo auxiliar desde que en 1979 José María Larrauri fue designado obispo de Vitoria.