[9][10][11] Juan Alfonso de Molina nació alrededor del año 1225.
[1] Hijo natural del infante Alfonso de Molina,[2] fue destinado desde su juventud a la carrera eclesiástica.
[9] Al principio el prelado manifestó que no intervendría en la sublevación del infante Sancho y que no respetaría lo acordado en las Cortes de Valladolid de 1282,[2] donde se decidió deponer a Alfonso X,[15] pero las actuaciones posteriores del obispo de Palencia demostraron a la larga «un cálculo político» que le llevaría a limitarse a observar la evolución de los acontecimientos.
[21] En 1288 estuvo presente en Alfaro[22] cuando el rey Sancho IV asesinó al conde Lope Díaz III de Haro, señor de Vizcaya.
Y entre 1289 y 1290 Juan Alfonso, que ocupaba el cargo de canciller del rey, fue además notario mayor del reino de Castilla.