[1]​ Juan Agustín realizó su primaria en el Colegio Belgrano y sus estudios secundarios en el Bachillerato Humanista Moderno.

Pérez Alsina fue elegido concejal para el periodo 1989-1991 por el PRS y fue reelecto por dos mandatos consecutivos (1991-1993, 1993-1995).

Durante su segundo periodo como concejal fue elegido presidente del cuerpo deliberante.

[3]​ Durante su mandato como diputado fue elegido convencional constituyente para la reforma del año 1998.

En el año 2003 es elegido como convencional constituyente para reformar la constitución de Salta una vez más.