En 1906 abandonó Suiza y se estableció en Montpellier (Francia), donde conoció a la que sería su esposa, Gabrielle Blanquet, cuyo apellido unió al suyo.

[1]​ Una aportación importante, que podemos considerar preliminar, fue la creación en 1927, en Montpellier, de la Station Internationale de Géobotanique Méditerranéenne et Alpine (SIGMA) .

Braun-Blanquet trabajó en la descripción y la interpretación de la cobertura vegetal, y creó la "fitosociología" BRAUN-BLANQUET, J., (1979), Fitosociología.

Su obra principal, Prodrome des groupements végétaux (Pródromo de las agrupaciones vegetales) en 7 volúmenes, siguió unos años más tarde, de 1934 a 1940, y es considerada como la "Biblia" de los Fitosociólogos y está aún utilizada hoy día por una mayoría de botánicos para describir las asociaciones naturales de vegetales.

Se interesó también por la vegetación de la península ibérica y publicó, solo o en colaboración con Oriol de Bolòs i Capdevila, un cierto número de estudios, en particular sobre la flora del Valle del Ebro.