Luego de su liberación el año siguiente, se dedicó a reconstruir una familia que había estado en caos por casi 25 años.

En julio del 2004, Massino fue condenado en un caso RICO basado en el testimonio de varios made man, incluyendo su descontento subjefe y cuñado Salvatore Vitale.

[8]​ Aunque atlético en su juventud,[3]​ Massino era un buen cocinero,[9]​ y subió de peso en su adultez.

Su sobrepeso hizo que le dieran el apodo de "Big Joey", y durante un juicio por racketeering en 1987, cuando le preguntó al agente del FBI Joseph Pistone quien lo iba a interpretar en una adaptación para cine de su trabajo como agente encubierto, Pistone bromeó diciéndole que no podían encontrar a nadie lo suficientemente gordo.

[21]​[22]​ En su ausencia, Carmine Galante, un antiguo consigliere y narcotraficante convicto, tomó control de la familia como jefe en funciones no oficial.

Ambos fueron amenazados por otra facción que buscaba deponer al jefe ausente liderado por los capos Alphonse "Sonny Red" Indelicato, Dominick "Big Trin" Trinchera y Philip Giaccone.

Napolitano fue saludado por el capitán Frank Coppa, luego tirado por la escaleras al sótano de la casa donde Lino le disparó hasta matarlo.

[53]​ Massino fue visitado por varios mafiosos amigos, incluyendo a Gotti,[54]​ y Vitale le llevaría secretamente dinero en efectivo para su sostén.

[57]​ Según Vitale, Massino hizo matar a Bonventre por no apoyarlo cuando estaba prófugo.

[56]​ Por su parte en este golpe, Massino hizo que Vitale fuera ingresado a la familia Bonanno.

[64]​ Rastelli, también condenado y mal de salud durante el juicio, fue sentenciado a 12 años en prisión.

El jurado emitió un veredicto especial liberando a Massino y Vitale de esos cargos.

Sin embargo, en la primavera de 1991, Massino ordenó a Vitale que "le hiciera jefe" tan pronto como Rastelli muriera.

Ello con la esperanza de asegurar que los nuevos mafiosos sean tan confiables como fuera posible.

Desde el punto de vista de Massino, esto haría menos probable que un capo pudiera convertirse en informante ya que si eso pasaba, el hijo del traidor enfrentaría una muerte segura.

[90]​ Massino, por su parte, estaba molesto por el perfil público de Gotti y luego lo criticó por matar a su predecesor, Paul Castellano.

[93]​[94]​ Para fines de los años 1990, la situación se revirtió y la familia Bonanno era ahora reconocida como la familia criminal más poderosa en Nueva York y en el país, y en ello no jugaba un papel pequeño el hecho de que Massino fuera el único jefe oficial de Nueva York en estar libre.

[10]​[95]​[96]​ Al final se vio que haber sido expulsados de la Comisión terminó favoreciendo a los Bonanno ya que fueron la única familia cuyo liderazgo no fue destruido en el juicio contra la Comisión de la Mafia.

Bajo su dirección, la Comisión ajustó las cualificaciones para convertirse en un miembro de una familia, requiriendo a los candidatos tener completa ascendencia italiana (antes se pedía por lo menos que se tuviera un padre ítalo-estadounidense) e impuso restricciones para recibir como miembros a asociados condenados por drogas.

[99]​ Según Capeci, el asesinato de Sciascia agrió las relaciones entre las familias Bonanno y Rizzuto.

[100]​ Originalmente considerada como una pandilla canadiense de la familia Bonanno,[101]​ los Rizzuto respondieron prestando aún menos atención a Nueva York.

[109]​ Vitale no fue sentenciado inmediatamente, y fue puesto bajo arresto domiciliario mientras tanto, pero la relativamente baja sentencia máxima que le podía tocar hizo creer erróneamente a Massino que él estaba cooperando con las fuerzas de la ley.

[81]​ Ordenó secretamente que, si era arrestado, Vitale debía ser "dado de baja" - degradado o matado.

[113]​ Un tercero, Joseph D'Amico, subsecuentemente se convirtió en testigo del gobierno con el conocimiento de que Cantarella podía implicarlo por asesinato también.

[116]​[117]​ A Massino se le denegó la libertad bajo fianza,[118]​ y Vincent Basciano asumió el puesto de jefe en funciones durante su ausencia.

Anticipando de que sería en corto tiempo acusado también, acudió al FBI y aceptó llevar un micrófono mientras seguía libre.

[143]​ Massino entonces podía convertirse en el primer jefe de la Mafia que fuera ejecutado por sus crímenes, y el primer jefe mafioso en enfrentar la pena de muerte desde que Lepke Buchalter fue ejecutado en 1944.

[151]​ Massino también reportó que Vincent Basciano, arrestado en noviembre, había conspirado para matar al fiscal Greg Andres, pero al fallar en un examen ante el polígrafo sobre ese tema, aceptó usar un micrófono durante una reunión con el jefe en funciones en la cárcel.

[152]​ Mientras Massino no pudo extrar una confesión contundente sobre Andres, si logró que BAsciano admitiera libremente haber ordenado el asesinato del asociado Randolph Pizzolo.

[152]​[165]​ Durante su testimonio, Massino dijo, como resultado de su cooperación, "espero ver una luz al final del túnel.