En 2007, tras haber renunciado al Consejo Federal, Deiss volvió a ejercer como prefesor, pero esta vez solo como profesor invitado.

Aun sin haber sido vicepresidente, ese año Joseph Deiss es elegido presidente de Suiza para 2004.

Durante su presidencia, Joseph realizó una importante visita a Japón, además de recibir al presidente de Polonia, Aleksander Kwaśniewski.

El 27 de abril de 2006, Joseph Deiss anuncia sorprendentemente su renuncia al Consejo Federal, dejando su puesto a lo que él mismo llama nuevas fuerzas.

El consejero asegura dejar su cargo sin presiones de su partido.