Heydrich, tras ser trasladado a Berlín, se llevó con él a los trabajadores de su confianza: Heinrich Müller, Franz Josef Huber y Josef Meisinger, también conocidos como la «Bajuwaren-Brigade» (brigada bávara).

En 1935 Meisinger consiguió también la dirección del Sonderdezernat II S Bekämpfung der Homosexualität und Abtreibung («Lucha contra la homosexualidad y el aborto»).

De 1936 a 1938 dirigió el Reichszentrale zur Bekämpfung der Homosexualität und der Abtreibung («Central del Reich para la lucha contra la homosexualidad y el aborto») dentro de la Gestapo.

El testigo principal era un tal Otto Schmidt, que se movía por los bajos fondos.

Meisinger dirigió el interrogatorio de Schmidt, donde vio llegada su gran hora, ya que sabía que Heinrich Himmler y las SS veían la homosexualidad como un peligro para el régimen nazi.

[3]​ En los interrogatorios Meisinger cometió errores básicos en una investigación policial, como cuando mostró fotos de Fritsch para que las identificase al principal testigo, un conocido mentiroso, de cuyas inscripciones el testigo pudo obtener datos que introdujo posteriormente en sus declaraciones.

En el juicio se derrumbaron las acusaciones contra Fritsch, que había sido víctima de una confusión.

Por ejemplo, Meisinger viajó con el comisario Eberhard Schiele a Egipto para investigar si Fritsch había tenido contactos homosexuales durante sus vacaciones en noviembre/diciembre de 1937, hecho que no pudo probarse.

Meisinger fue el sucesor de Lothar Beutel, que había sido destituido por corrupción.

Así hizo fusilar en masa a 1700 personas en el bosque de Palmiry.

Meisinger llegó a tener tal mala fama que se ganó el sobrenombre del «Carnicero de Varsovia».

Tras una investigación de los hechos, Himmler decidió (según Schellenberg) juzgarlo en una corte marcial y fusilarlo, pero fue salvado por Heydrich, que lo envió a Japón.

Otro método era entregar al adversario molesto a las fuerzas de seguridad japonesas.

[13]​ Tras su llegada a Tokio, Meisinger había demostrado su incompetencia de forma tan evidente, que Ribbentrop empleó posteriormente este hecho para recuperar el poder del SD en las embajadas — le molestaban especialmente los agregados policiales.

Como consecuencia, Meisinger quedó completamente desacreditado en el Ministerio de Asuntos Exteriores, que se quejó a Himmler,[14]​ pero no fue depuesto.

En consecuencia, Meisinger decidió no volver a usar los canales oficiales del Ministerio de Asuntos Exteriores para sus comunicaciones con Berlín.

El almirantazgo japonés, que administraba Shanghái, no cedió a las presiones del aliado alemán.