Su tío Jesús María de Leizaola fue consejero de Cultura del Gobierno vasco durante la guerra civil española, vicelehendakari y finalmente lehendakari del Gobierno Vasco en el exilio (1960-80).
Con el progresivo aperturismo del régimen franquista, parte de la familia Leizaola regresó a San Sebastián incluyendo al propio Joseba.
En el País Vasco prosiguió su militancia política en el PNV, ahora en la clandestinidad.
Joseba Leizaola emergió públicamente en ese momento como uno de los dirigente del PNV en Guipúzcoa y siguió ocupando cargos en la dirección del partido, en el GBB (hasta 1980) y en el EBB (hasta 1978), siendo esta vez elegido por la militancia.
[2] Desde entonces permaneció jubilado y ajeno a la política, sin ocupar cargos institucionales ni internos de su partido.