Considerado uno de los exponentes más importantes de la música barroca española.

Fue educado en su ciudad natal por Simón Huarte Arrizabalaga y estudió composición con Matías Ruiz en Madrid.

[2]​ De los trabajos de José de Vaquedano, cinco son misas, 14 salmos, el Magnificat, 7 lamentaciones, motetes y 50 villancicos navideños.

Vaquedano dominó el estilo policoral veneciano, en algunas de sus obras, se utilizaron 20 voces en cinco coros, cada una de las voces que cantaban a menudo estaba reforzada por instrumentos.

Previamente había dejado en herencia a la Catedral de Santiago todas sus obras, lo cual hizo que se conservaran hasta hoy.