Como parte de su trayectoria política, destaca el haber sido gobernador del estado entre 2007 y 2010.Volvió a Brasil clandestinamente durante unos meses, pero decidió salir otra vez, estableciéndose en Chile.Al intentar salir de Chile fue encarcelado en el Estadio Nacional yendo luego a Estados Unidos, donde logró su doctorado en Economía en Cornell y trabajó en el Institute for Advanced Studies en Princeton.Se lanzó como candidato a la Presidencia en 2002, perdiendo ante Luiz Inácio Lula da Silva en la segunda vuelta.En la campaña electoral de 2002 lanzó graves descalificaciones contra Chávez que no han cesado.Dos años después abandonó el cargo para postularse a gobernador del Estado de São Paulo, siendo elegido.[3] Durante la campaña presidencial de 2010, acusando a Dilma Rousseff de querer legalizar el aborto, José Serra hizo campaña con la Biblia en la mano, mientras que su esposa vilipendiaba a quienes quieren “matar a los niños pequeños” (aunque ella misma se había realizado un aborto en los años 1970, según las revelaciones del diario Folha de São Paulo).[5] Según ejecutivos de la constructora, José Serra se benefició con aportes a cuentas secretas en Suiza.
José Serra y su compañero de fórmula para las elecciones presidenciales de Brasil de 2010,
Indio da Costa
.