Posteriormente, el 3 de enero de 1644 fue reformada su compañía, que lideraría hasta el 4 de julio de 1644 cuando se le otorgó licencia en virtud de orden del rey para que fuese a servir a una compañía del tercio del maestre de campo Esteban de Azcárraga.
[2] A principios 1646 se trasladaría a la Capitanía General de Yucatán en compañía del maestre de campo Esteban de Azcárraga (que había sido designado por el monarca español como gobernador y capitán general de la dicha provincia), en donde obtendría el título sargento mayor de esa provincia y teniente de capitán general en el puerto de San Francisco de Campeche.
[2][3][1] El 19 de febrero de 1649 el monarca español lo designaría como alcalde mayor de San Salvador, asimismo el rey emitió una real cédula el 10 de junio de ese año para que la Real Audiencia de Guatemala no envié a nadie a tomarle residencia durante su período de gobierno como alcalde mayor; su real cédula sería enviada por barco en 1650 y tomaría posesión de su cargo por el año de 1652; por ese tiempo también contraería matrimonio con Francisca de Salazar, con quien engendraría 3 hijas: Francisca, María Antonia y Elena Nicolasa.
[4][5][6][2][1][7] El día 15 de enero de 1654 fray Antonio Dávila le escribiría un extenso memorial a la real audiencia guatemalteca, informándole del mal proceder y los malos tratos hacia los indígenas por parte del alcalde mayor José Portal, sin embargo la real audiencia hizo caso omiso de ello y José Portal pudo continuar con su gobierno.
Por otro lado, según menciona Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán en su Recordación Florida, en dicha provincia fue testigo de un indígena que se transformaba en león o puma.