De 1771 a 1778, Pavón cursó estudios superiores en geografía, física, química, mineralogía, farmacia y botánica.

Asimiló con aplicación todos los cursos que se impartían en el Jardín Botánico de Madrid, dirigido por Casimiro Gómez Ortega.

Con él participó en la expedición científica que se realizó a Perú.

Cuando falleció Ruiz, Pavón continuó los trabajos que habían iniciado juntos.

Pavón durante su vida fue un científico reconocido que logró ser miembro de las siguientes sociedades científicas: Existen registros de tres epónimos que fueron dedicados en su honor: