Al año siguiente se distanció del gobierno local con motivo del trágico fin de sus hermanos Vicente y Toribio que participaron en la rebelión conservadora de Estévez y perdieron la vida.

Este, en obedecimiento de instrucciones del prefecto imperial, don Santiago Campillo y del general Garnier que ejercía el mando militar en Guaymas, porque les convenía atraerlo a su causa, le entregó el mando para sumar su influencia personal y la de los suyos a favor del Imperio.

Inmediatamente se movilizó para Navojoa con el propósito de atraer a favor de su causa a los indios del río Mayo y días después retrocedió violentamente sobre Álamos que había sido recuperado por el general Rosales.

[1]​ Llevó sus armas a la región del río Fuerte, en donde dejó una guarnición, y el 7 de enero de 1866 fue derrotado y desalojado de Álamos por las tropas republicanas que mandaba el general Ángel Martínez; se dirigió al centro del Estado reorganizando fuerzas con energía sorprendente; el 4 de mayo fue derrotado por el mismo general Martínez en Hermosillo, aunque pocas horas después los suyos tomaron la revancha y derrotaron a los republicanos que tuvieron que ceder la plaza; se batió con el coronel Palacio en Minas Nuevas y volvió a ocupar la ciudad de Álamos.

El Imperio languidecía porque al mismo tiempo Langberg y Tánori habían sido derrotados en Guadalupe de Ures, y tomó el camino de Guaymas en donde se embarcó con muchos otros comprometidos, buscando la salvación.