A lo largo de su vida científica José María Ots mantuvo su relación discípulo-maestro con Altamira, y compartió con él parecido destino vital: el exilio americano tras la guerra civil española.
Desde 1928, Ots Capdequí también dirigió el Instituto Hispano Cubano que financió el mecenas Rafael González Abreu.
Finalizada la Guerra Civil, se exilió en América, dando clases en la Universidad Nacional de Colombia.
[1] En 1953 regresó a su ciudad natal, siéndole devuelta su cátedra de Historia del Derecho pocos meses antes de jubilarse en 1963.
Tras una larga vida dedicada a la docencia y a la investigación americanista, Ots Capdequí murió en Benimodo (Valencia) el 20 de septiembre de 1975, a los 81 años de edad.