[1]​ Su padre era el médico y académico Francisco Mardones Restat –director del Servicio Nacional de Salud durante el Gobierno del presidente Eduardo Frei Montalva– y su madre María Inés Santander Fantini.

Luego alcanzó un master en leyes y diplomacia y un doctorado en estudios internacionales en The Fletcher School of Law and Diplomacy de la Universidad Tufts, en Boston, Estados Unidos.

[1]​[3]​ Contrajo matrimonio con Belela Charlone Herrera, con quien tuvo un hijo (Pablo).

Tras terminar esta relación se desposó, en segundas nupcias, con la socióloga y economista Isabel Marshall Lagarrigue, con quien tuvo otros dos hijos (Antonia e Isidora).

[1]​[3]​[4]​ En 2014 fue elegido presidente del directorio de la estatal Empresa Portuaria San Antonio.