[3] Durante la ocupación alemana de Polonia los salesianos continuaron su labor educativa.
Fueron llevados a la prisión de Montelupich y torturados.
La misma noche en que sus opresores lo sacaron de sus cuarteles, fue de nuevo gravemente golpeado fuera, y posiblemente se ahogó.
[6] En la última carta a sus padres Józef escribió: Los polacos comenzaron a venerar su memoria después de la Segunda Guerra Mundial.
El papa Juan Pablo II sabía del Padre Kowalski personalmente desde antes de la guerra, cuando Kowalski vivió y sirvió con él en la Parroquia de San Estanislao Kostka en Dębniki (Cracovia).