Hijo de una familia adinerada, su hermano mayor Demetrio, nació dos años antes, en 1856.
En dicho servicio militar, participó en una expedición al Polo Norte,[2] en la cual, adquirió cierta experiencia naval.
En 1890, José Joaquín y su hermano Demetrio, participaron en la fallida conspiración conocida como la Paz del Manganeso.
En dicho año, el General independentista cubano Antonio Maceo regresó a Cuba, por un breve tiempo, visitando la ciudad natal de los hermanos Castillo Duany, quienes organizaron un banquete en su honor.
En dicha guerra, José Joaquín participó en siete expediciones armadas para reforzar a las tropas independentistas cubanas con armas, pertrechos y hombres.