Tuvo un notable desempeño como administrador público y como político en los que destacan: jefe del Departamento de Orientación y Servicios Jurídicos, secretario de la Asamblea y director general del INFONAVIT; director general de Asuntos Jurídicos.

Tras dicho atentado fue trasladado a una clínica privada, llegando aún con vida.

Este último también fue detenido, aunque no estaba presente en la escena del crimen, pero a pesar de ello, hubo pruebas y cargos en su contra.

En una última declaración de Rodríguez González, señaló que en ese momento existía un grupo de exlegisladores cuyo propósito era rescatar puestos de dirección del país y que ese grupo lo integraban el propio Muñoz Rocha y el exsenador Enrique Cárdenas González –entre otros 10 parlamentarios– y tenían contacto con bandas del crimen organizado.

Jorge Rodríguez, hermano de Fernando Rodríguez, se entregó a las autoridades y confesó que tanto él como su hermano recibieron de manos de Muñoz Rocha, una lista para asesinar a varios políticos importantes del PRI entre los que se encontraba el propio Ruiz Massieu, el entonces presidente del Senado de la República, Fernando Ortiz Arana, el gobernador de Tamaulipas, Manuel Cavazos Lerma, la senadora por ese mismo estado, Laura Alicia Garza Galindo, y la diputada Claudia Carola Santos Cruz a quien según los Rodríguez González se le entregó medio millón de nuevos pesos para asesinar a Ruiz Massieu y nunca apareció, por lo que planeaban también liquidarla.

Ésta fue una de las investigaciones más escandalosas del país debido a hechos presentados durante los años 1995 y 1996, tiempo en el que duraron las investigaciones y se presentaron pruebas y testigos que condenarían en definitiva al hermano de un expresidente por asesinato político.

Entre las declaraciones destacó la del jefe de seguridad, el teniente coronel Chávez Ramírez, que aseguró haber escuchado en una reunión hecha en Palacio Presidencial durante 1993, a los hermanos Salinas de Gortari, junto a su padre, planear el asesinato de José Francisco, debido a que este según sus propias palabras «se les había salido ya del jacal» y era «un estorbo para el Salinismo», por lo que requería su eliminación inmediata.

Es más, Aguilar Lucero le había hecho un croquis a la médium para poder llegar a donde después del asesinato, Raúl y sus cómplices, habían llevado a enterrar el cuerpo en una casa de Raúl Salinas llamada «el Encanto», ubicada en la delegación de Cuajimalpa en la Ciudad de México.

Su esposa Marcia Cano aseguró que su marido se comunicó con ella por última vez el 29 de septiembre de 1994, un día después del crimen de Ruiz Massieu, donde aseguró que fue una comunicación normal en donde notó su voz agitada; le pidió que se cuidara.

Según Marcia Cano esa fue la última vez que se comunicó con su esposo.

Su matrimonio terminó en un escándalo, a pesar de lo cual José Francisco se mantuvo como un personaje cercano a Carlos Salinas, tanto, que desde su posición como secretario general del Comité Ejecutivo Nacional (CEN) del Partido Revolucionario Institucional (PRI), Ruiz Massieu jugó un papel clave en la articulación de algunas de las más importantes reformas desarrolladas por el gobierno de Carlos Salinas.