[6][7] Era descendiente de una familia distinguida de aquella ciudad[6] conformada por José Manuel Septién Primo (?-1844) y Ana Josefa Villaseñor Aldama (1784-?).
[7] Su abuelo don Pedro de Septién Montero y Austri;[7] entre sus familiares destacan José Ignacio Villaseñor Cervantes, Juan Aldama, Timoteo Fernández de Jáuregui, Carlos M. Loyola, Fernando Loyola, entre otros.
[8] Ocupó la silla gubernamental en tiempos del Segundo Imperio de Maximiliano sustituyendo a Manuel Gutiérrez; siendo que Septién en el periodo de Gutiérrez era secretario[9][10]de gobierno.
Gutiérrez, presionado, renunció al gobierno por los acontecimientos de retiro de las tropas francesas del país.
[16] El mismo año de su muerte redactó su obra Memoria estadística del estado de Querétaro, publicada después de su muerte.