Licenciado en Filosofía y Letras (Rama historia contemporánea) por la Universidad Autónoma de Madrid, cursa una Maestría en Relaciones Internacionales por la Universidad para la Paz de Naciones Unidas y se doctora en Ciencias Políticas y Sociología (rama Relaciones Internacionales) por la Universidad Complutense de Madrid.

El profesor Sanahuja es catedrático de relaciones internacionales y especialista en cooperación al desarrollo.

[4]​ En 2005 y 2006 fue nominado por el diario El Mundo uno de los españoles más influyentes, en la categoría poder alternativo.

Ha trabajado como investigador y consultor con la Secretaría de Estado de Cooperación Internacional, la Cruz Roja Española, el Parlamento Europeo, la Comisión Europea, la Fundación Carolina, la Fundación EU-LAC (Unión Europea-América Latina y el Caribe), la Secretaría General Iberoamericana (SEGIB), la Coordinadora Regional de Investigaciones Económicas y Sociales (CRIES), y otras entidades.

En su trabajo para la cooperación española se encuentra la elaboración, con José Antonio Alonso y Christian Freres, de la que fue la primera Estrategia Multilateral de la Cooperación Española al Desarrollo, aprobada en 2008.