Permaneció en este puesto hasta junio del mismo año, cuando fue nombrado gobernador civil de Málaga.

En esta ciudad tuvo que hacer frente al levantamiento militar y a las milicias que tomaron el poder tras el fracaso del levantamiento.

Es entonces trasladado a la Prisión Provincial de Málaga para ser juzgado sobre la base de las listas que proporciona la misma prisión provincial, según las cuales fueron detenidas en su nombre 371 personas de las que 275 fueron ejecutadas mediante "sacas".

En su defensa, Fernández-Vega alegó que nunco supo nada de las sacas hasta una vez llevadas a cabo y que, en la medida de sus posibilidades, rescató a un gran número de detenidos, incluidos militares y sacerdotes, a los que proporcionó pasaportes y ayudó a escapar de la ciudad.

Fue condenado a muerte y fusilado en el cementerio de San Rafael, donde permanece su cuerpo en una fosa común.