Durante varias décadas militó en las filas del carlismo, desde el cual evolucionó hasta planteamientos demócrata-cristianos.

Con motivo de las primeras elecciones de procuradores en Cortes por el tercio familiar, en octubre de 1967, en Navarra confrontaron dos candidaturas: por un lado, la promocionada por el propio régimen franquista, integrada por Jesús Ezponda y Alfredo Les, y por otra, la que impulsaba la Junta Regional carlista desde la alegalidad, formada por Auxilio Goñi y José Ángel Zubiaur.

Goñi y Zubiaur junto con los también procurados carlistas Antonio Arrúe y Manuel Escudero, elegidos en Guipúzcoa por el tercio familiar, constituyeron el núcleo fundacional de los llamados «procuradores trashumantes», un grupo informal pero reconocido públicamente de oposición parlamentaria al Gobierno franquista.

Tras haber roto con la dirección del llamado Partido Carlista, en 1975 firmó, junto con otras personalidades carlistas, una carta dirigida a Carlos Hugo, en la que los firmantes afirmaban que este había perdido la legitimidad de ejercicio.

En 1979 participó en la fundación de Unión del Pueblo Navarro y en 1983 fue elegido parlamentario foral por este partido.