En 1995, postuló por segunda vez en la provincia de Maynas y logró resultar elegido como alcalde provincial para el periodo 1996-1998.

[3]​ Para las elecciones parlamentarias del año 2000, Chávez se apuntó como candidato al Congreso de la República por la lista del partido Somos Perú y luego logró ser elegido como congresista para el periodo parlamentario 2000-2005 con 20,619 votos.

También fue autor de la moción de vacancia contra Alberto Fujimori por incapacidad moral, lo cual se logró aprobar tras su fuga a Tokio donde convocó a nuevas elecciones generales para el año 2001.

También ejerció como cuarto vicepresidente de la Mesa Directiva presidida por Ántero Flores-Aráoz en el periodo 2004-2005,[6]​ donde luego presentó una denuncia constitucional contra los excongresistas tránsfugas del fujimorismo.

Al culminar su gestión, Chávez intentó su reelección sin éxito en las elecciones parlamentarias del 2006 y también en su candidatura al Gobierno Regional de Loreto por Acción Popular en las elecciones regionales del 2010 quedando en séptimo lugar con solo el 4,388 % de los votos.